Η Ελληνική Ευαγγελική Εκκλησία συνεργάζεται στενά με οργανώσεις και δράσεις κοινωνικού χαρακτήρα, όπως διακονίες ολικής φροντίδας των προσφύγων, υποστήριξης και αποκατάστασης θυμάτων trafficking, απεξάρτησης από τα ναρκωτικά κ.ά.
Διακονίες και οργανώσεις οι οποίες βρίσκονται υπό την αιγίδα της Ελληνικής Ευαγγελικής Εκκλησίας είναι η «Περιχώρησις» και ο «Κεραμέας», ενώ συνεργαζόμενες διακονίες είναι τα Χέρια Βοηθείας, Δορκάς, Φιλήμων, Φάρος και Νέα Ζωή.
