Ανταποκρινόμενη στην εντολή του Ιησού Χριστού να κηρυχθεί το Ευαγγέλιο σε όλα τα έθνη, η Ευαγγελική Εκκλησία της Ελλάδος ανέπτυξε ένα ιεραποστολικό έργο, τόσο εντός συνόρων (ιδιαίτερα μεταξύ των Ρομά – βλ. σχετική ενότητα), όσο και εκτός. Οι κυριότερες ιεραποστολικές δράσεις της Ε.Ε.Ε. στο εξωτερικό έχουν γίνει στην Αλβανία και την Τανζανία:
Αλβανία
Η Ευαγγελική Εκκλησία της Ελλάδος ανέπτυξε ένα πολυδιάστατο ιεραποστολικό έργο στη Νότια Αλβανία κατά τις δεκαετίες του 1990 και 2000. Βασικό μέλημα της ιεραποστολικής δραστηριότητας υπήρξε η υλική ανακούφιση των πληθυσμών της περιοχής που, ιδιαίτερα τα πρώτα χρόνια ζούσαν πολλές φορές σε κατάσταση μεγάλης ανέχειας. Έτσι, η ιεραποστολή μας παρείχε βοήθεια σε τρόφιμα, ρούχα, ιατροφαρμακευτική περίθαλψη, καθώς και ειδικά προγράμματα για ηλικιωμένους, παιδιά και έκτακτες ανάγκες. Διοργανώθηκαν επίσης κατασκηνώσεις για παιδιά, νέους και οικογένειες.
Παράλληλα με το κοινωνικό έργο, υπήρξε και σημαντικό πνευματικό έργο, μέσα από την ίδρυση της Ευαγγελικής Εκκλησίας των Αγίων Σαράντα, καθώς και συναθροίσεων σε γύρω περιοχές (Δέλβινο, Ξαμίλια κλπ.). Πραγματοποιήθηκαν επίσης σεμινάρια θεολογικής κατάρτισης, αλλά και πρακτικής χριστιανικής ζωής, καθώς και ραδιοφωνικά προγράμματα. Το πνευματικό και κοινωνικό έργο που ξεκίνησε η εκκλησία μας εκεί πλέον έχει περάσει στα χέρια των Αλβανών υπευθύνων του έργου, οι οποίοι πλέον έχουν πάρει τη σκυτάλη ώστε να υπηρετήσουν την πατρίδα τους μέσα από το έργο της Αλβανικής Ευαγγελικής Εκκλησίας.
Τανζανία
Το 2012 μέλη της Ευαγγελικής Εκκλησίας της Ελλάδος ίδρυσαν την Tanzania Orphans Mission (T.O.M.) www.tom.org.gr η οποία διατηρεί ορφανοτροφείο, σχολείο και κατασκήνωση στη νοτιοδυτική Τανζανία.
Το ορφανοτροφείο βρίσκεται στο χωριό Galijembe στην νοτιοδυτική Τανζανία σε υψόμετρο 2100 μέτρων. Φιλοξενεί πάνω από 80 παιδιά ηλικίας 5 με 18 ετών, ορφανά και από τους δύο γονείς τους. Στα παιδιά προφέρεται στέγαση, φαγητό, ρούχα, εκπαίδευση και πνευματική καθοδήγηση.
Στις εγκαταστάσεις της Τ.Ο.Μ. λειτουργεί επίσης δημοτικό σχολείο. Η ιεραποστολή επίσης διαθέτει μια μικρή φάρμα, μια καλλιέργεια λαχανικών, καθώς και μηχανές ρυζιού και καλαμποκιού, με τις οποίες φτιάχνεται καλαμποκάλευρο.
Από το 2019 η ΤΟΜ έχει την δικής της Κατασκήνωση με το όνομα “Furaha” (Χαρά), που βρίσκεται στην λίμνη Νιάσα (Μαλάουι). Εκεί πηγαίνουν τα παιδιά της ΤΟΜ μαζί με άλλα παιδιά δυο φορές τον χρόνο (Ιούνιο και Δεκέμβριο) για 15 μέρες κατά τις σχολικές τους διακοπές.