Η Ευαγγελική Εκκλησία της Ελλάδος ακολουθεί το Πρεσβυτερικό σύστημα διοίκησης, κατά το οποίο η κάθε τοπική εκκλησία διοικείται από το πρεσβυτέριό της. Όλες μαζί οι εκκλησίες συγκροτούν τη Γενική Σύνοδο της Ε.Ε.Ε., η οποία διοικείται από πενταμελή Εκτελεστική Επιτροπή, η οποία εκλέγεται ανά διετία από τους αντιπροσώπους των τοπικών εκκλησιών. Τόσο η οργάνωση, όσο και η διοίκηση της Ευαγγελικής Εκκλησίας της Ελλάδος καθορίζονται από τα άρθρα και τις διατάξεις του Καταστατικού της Χάρτη.
Η Γενική Σύνοδος της Ε.Ε.Ε. έχει την ευθύνη του γενικότερου συντονισμού του ευρύτερου έργου της Ε.Ε.Ε., καθώς και την εκπροσώπησή της απέναντι στην πολιτεία. Συγκροτεί επίσης συνοδικές επιτροπές, οι οποίες φροντίζουν για διάφορους επιμέρους τομείς του συνοδικού έργου, όπως ενδεικτικά για την κατάρτιση των πιστών, για τη νεολαία, για το ιεραποστολικό έργο κλπ.
Για μια πιο αποτελεσματική παρακολούθηση του έργου των Τοπικών Εκκλησιών έχουν συσταθεί και λειτουργούν δύο Τοπικές Σύνοδοι (μία στη Νότια και μία στη Βόρεια Ελλάδα), οι οποίες υπάγονται κάτω από τη Γενική Σύνοδο, και υποστηρίζουν ποικιλοτρόπως τις τοπικές εκκλησίες της γεωγραφικής τους περιφέρειας. Κάθε Τοπική Σύνοδος διοικείται από πενταμελή Εκτελεστική Επιτροπή, η οποία εκλέγεται κάθε χρόνο από τους αντιπροσώπους των τοπικών εκκλησιών της περιοχής της.
Οι τοπικές εκκλησίες διοικούνται από πρεσβυτέριο, το οποίο εκλέγεται κάθε τέσσερα χρόνια από τη συνέλευση των κοινωνών μελών κάθε εκκλησίας. Ως κοινωνά μέλη ορίζονται όλοι όσοι ομολογούν πίστη στο πρόσωπο και στο έργο του Κυρίου Ιησού Χριστού, ασπάζονται την Ομολογία Πίστης της Ευαγγελικής Εκκλησίας της Ελλάδος και αποδέχονται ως οργάνωση και διοίκηση τον Καταστατικό της Χάρτη. Κατ’ αυτόν τον τρόπο, οι πιστοί συμμετέχουν ενεργά στη διοίκηση της κάθε τοπικής εκκλησίας, καθώς μπορούν και να εκλέξουν, αλλά και να εκλεγούν στην ηγεσία της. Ανά τέσσερα χρόνια επίσης εκλέγονται και οι διάκονοι και διακόνισσες κάθε εκκλησίας από τα κοινωνά μέλη της.
Ο ποιμένας (λειτουργός) κάθε τοπικής εκκλησίας εκλέγεται απευθείας από τη συνέλευση των κοινωνών μελών της εκκλησίας. Ο λειτουργός κάθε εκκλησίας είναι και πρόεδρος του πρεσβυτερίου της, τελεί τις τελετές, κηρύττει στις συναθροίσεις της, έχει την ποιμαντορική φροντίδα των μελών, εκπροσωπεί την Εκκλησία στις δημόσιες αρχές, και συντονίζει γενικότερα το έργο της Εκκλησίας, μαζί με το υπόλοιπο πρεσβυτέριο. Δεδομένων των πολλών και πολυδιάστατων αναγκών της ποιμαντορικής διακονίας, η Ευαγγελική Εκκλησία της Ελλάδος δίνει ιδιαίτερη έμφαση στη μόρφωση των λειτουργών της, και έχει ως προϋπόθεση όλοι τους να έχουν τουλάχιστον μεταπτυχιακές σπουδές στη θεολογία.
Ιδιαίτερη έμφαση δίνεται επίσης στη θεσμική λειτουργία και στη διαφάνεια και τη λογοδοσία της ηγεσίας σε όλα τα επίπεδα. Για το λόγο αυτό, τόσο η ηγεσία κάθε τοπικής εκκλησίας (ποιμένας, πρεσβυτέριο), όσο και της συνόδου (Γενικής και Τοπικών) υποχρεούται εκ του καταστατικού της Ε.Ε.Ε. να λογοδοτεί και να καταθέτει πνευματικό και οικονομικό απολογισμό στη γενική συνέλευση που την εκλέγει.
Συμπερασματικά, όπως μπορεί να γίνει κατανοητό από τα παραπάνω, η Ε.Ε.Ε. δίνει ιδιαίτερη έμφαση στη συμμετοχή των λαϊκών, οι οποίοι έχουν ενεργό ρόλο στα τεκταινόμενα της εκκλησίας, ενημερώνονται τακτικά, συμμετέχουν ενεργά στη λήψη αποφάσεων, συμμετέχουν στις επιμέρους διακονίες της Ε.Ε.Ε., και μπορούν να εκλέξουν αλλά και να εκλεγούν στις θεσμικές θέσεις κάθε τοπικής εκκλησίας (πρεσβύτεροι, διάκονοι, διακόνισσες) αλλά και στις συνοδικές επιτροπές.
.
